Да, тут два варианта, либо строить ниже уровня острова, либо строить из блоков, которые дракон не может разрушить - это обсидиан, железные прутья и камень края (разумеется, так должно быть в ванили, но нужно перед стройкой проверить на всякий случай).
Я бы строила ниже острова, и ниже...